La fase oscura ocurre en el estroma. Para generar una molecula de glucosa se necesita de dos ciclos (6 CO2). Un ciclo se inicia con la captura de CO2 por la Ribulosa bifosfato, 3 CO2 se unen a 3 moleculas de 5C-PP (Rubisco). Al unirse CO2 se transforma en 3 moleculas inestables de 6C-PP y luego se parte en dos, formandose 6 moléculas de 3C-P. Ocurre una nueva fosforilación quedando 6 moleculas de 3C-PP. luego entra NADPH y sale NADP solo para dar origen a otras 6 moleculas 3C-P. Una de estas sale del ciclo y entra a la formación de glucosa, mientras las otras 5 moléculas de 3C-P se transforman en 3 moleculas de 5C-P (la ribulosa fosfato) que al fosforilarse otra vez con ATP, se forma nuevamente la ribulosa bifosfato con 3 moleculas de 5C-PP. El ciclo continúa en presencia o ausencia de luz.
Si una planta no tiene luz, no produce ATP ni NADPH, y por lo tanto no puede fabricar glucosa ni otros azucares y la planta muere.
Durante los meses de verano, un árbol produce tantos azucares en exceso que en los mese de invierno, cuando caen sus hojas y no puede hacer fotosíntesis, de todas maneras puede sobrevivir con los nutrientes almacenados.